Ambos canones son oficiales, pero los fans suelen dar más importancia al canon de autor, lo cual es obvio al tratarse del creador de la obra y su visión original de la misma. Sin embargo, es importante entender que se trata de "universos" distintos sobre la misma obra.
Por otro lado, hay muy pocos proyectos como Neon Genesis Evangelion (NGE) que permiten un canon personal para cada espectador, debido a los principios de libertad creativa y libre interpretación.
Final de NGE (Película, Manga y Doujinshi), aunque el doujinshi no es oficial es válido como canon personal de la audiencia que así lo desee.
Un ejemplo de diferencia entre canones es la saga de Asgard en Saint Seiya. Esta saga no existe en el manga, por lo tanto no forma parte del canon de autor. Sin embargo, sí está presente en el canon de estudio, ya que es considerada una de las mejores sagas del anime y es citada en los eventos de Soul of Gold, un spin-off que tampoco existe en el canon del manga, pero sí en el canon del estudio TOEI.
Warrior gods de la saga de Asgard (Animación) y Blue Warriors de la saga de bluegard (Manga)
Una medida comúnmente utilizada por los creadores y estudios es establecer la existencia de múltiples líneas temporales o universos alternativos para resolver las diferencias entre la obra original y la adaptación animada. Sin embargo, los autores tienen la última palabra al momento de solucionar las incongruencias que lleguen a suscitarse.
Aunque en su canon el estudio tiene la libertad creativa de hacer ajustes y agregar contenido propio, generalmente se intenta mantener las adaptaciones lo más fieles posible al material de origen y su canon. Esto se hace para satisfacer a los fans y respetar la visión del autor original.
En base a lo anterior, los episodios y sagas de relleno no forman parte del canon de estudio (Ya que no forman parte del material de origen y su canon), Salvo que sus sucesos afecten el desarrollo de la trama a largo plazo dentro de la adaptación animada y posean el visto bueno del autor.